Black Lagoon es un anime protagonizado por el japonés Okajima Rokuro, un ejecutivo de una empresa que llevaba una vida normal hasta que un día es secuestrado por una organización llamada Black Lagoon. Tras correr su vida peligro, y descubrir que para sus jefes su vida carece totalmente de importancia alguna, decide "desaparecer" como habían planeado sus jefes y cambiar totalmente de vida. Sacará a la organización que le había secuestrado de una situación límite, y finalmente decidirá pasar a trabajar con ellos, apodado como Rock, junto a Revy Two Hands, una joven experta manejando armas (pistolas); Dutch, el jefe de Black Lagoon; y Benny, el experto informático del equipo. Aquí comienza su nueva vida en un mundo muy distinto, enfocado en la ciudad ficticia de Roanapur, ubicada en Tailandia. Tendrá que acostumbrarse a todo tipo de situaciones ilegales y en muchos casos inmorales que irán pasando antes sus ojos.