Btooom! comienza con Ryota Sakamoto, un joven de 22 años desempleado y considerado un nini. Invierte la mayoría de su tiempo en un juego online de combate llamado Btooom!. Este juego tiene como peculiaridad que debes derrotar a tu/s enemigo/s con bombas de diversos tipos. La afición de Ryota lo ha llevado a ser uno de los mejores jugadores. Pero un día, despierta y descubre que se encuentra en una isla tropical, asilada de toda civilización y no recuerda como ha llegado allí. Si descubre que tiene una pequeña mochila con bombas similares a las del juego, y de repente se topa con alguien que para su sorpresas intenta asesinarle con bombas. Desconcertado comienza su lucha por su supervivencia intentando no tener que matar a nadie mientras busca respuestas sobre su destino allí. Pero no será tan fácil cumplir sus objetivos...