Coppelion comienza con de tres chicas, Ibara Naruse, Aoi Fukasaku y Taeko Nomura. Ellas han sido diseñadas genéticamente para resistir las radiaciones, y son llamadas Coppelion. La ciudad de Tokio sufrió en 2016 un desastre nuclear que sumió a la ciudad en la radiación y la convirtió en una ciudad fantasma. Las Coppelion han sido enviadas a dicha ciudad 20 años después para realizar tareas de rescate de supervivientes. Comienza aquí el inicio de su tarea, en la que deberán encontrar a supervivientes con un dispositivo que detecta seres vivos, y conseguir llevarlos sanos y salvos al helicóptero de rescate que tiene las fuerzas de defensa que comandan a las Coppelions (el JSD). Pero en uno de los rescates ocurrirán una serie de sucesos que podrían poner en peligro a toda la humanidad...