Dangaronpa - The Animation da comienzo en una escuela privada de élite llamada Academia Pico de la Esperanza con Makoto Naegi, uno de los 15 estudiantes que han sido elegidos para estudiar en esta escuela. En la realidad, los 15 estudiantes han sido atrapados en dicha escuela, sin posibilidad de escapar hasta que se graduen. El problema está en que la única forma de graduarse es asesinar a los otros compañeros de clase. La mecánica del juego es que en cada asesinato, 3 estudiantes lo descubren, y el resto deberán descubrir cual de esos 3 alumnos ha sido el que ha cometido dicho asesinato. Solo hay dos caminos: si se descubre al asesino, este muere. En cambio, si el estudiante es capaz de engañar a sus compañeros, ellos son los que mueren y el asesino se graduará. En todo momento, Monokuma, el juez del juego a muerte va incitando a los alumnos a cometer asesinatos.