Pandora Hearts comienza presentando la historia de Oz Bezarius, un joven de 15 años que vive tranquilamente en una mansión junto a su tío Oscar, su hermana Ada, y Gilbert, su fiel sirviente. En dicha mansión se celebrará la ceremonia típica de la mayoría de edad. Un día explorando los alrededores de la mansión Oz, Ada y Gilbert encuentran, tras derumbarse el suelo bajo sus pies de forma accidental, una lápida de la que cuelga un reloj de bolsillo dorado. Cuando Oz lo fue a coger una visión extraña le abordó en la que una joven intentaba matarlo. Todo su mundo cambió el día de su ceremonia de la mayoría de edad: el reloj de la iglesia comienza a funcionar tras 100 años, y con el aparecen varias personas encapuchadas que dicen haber acudido para juzgar a Oz. Entonces es desterrado a Abyss, una dimensión que actua a modo de prisión, y en la cual el tiempo avanza de manera distinta al mundo real. Aquí comienza la aventura de Oz para escapar de Abyss con ayuda de una chica e intentar descubrir toda la historia oculta sobre si mismo y los que le rodean.