School Days, cuya historia está basada en una novela visual, comienza con Makoto Ito, un estudiante de secundaria. Usualmente coge el tren para ir a su escuela y se encuentra siempre a una chica, llamada Kotonoha Katsura, de la que se enamora. Haciendo caso de la leyenda urbana (que decía que si sacaba una foto de la chica que quería y la mantenía de fondo de pantalla sin que nadie la viera, su amor se haría realidad) la sacó una foto. Entre tanto, Makoto conoce a Sekai Saionji, una joven que se sentará a su lado a partir de ahora en clase, y se hacen amigos. Esta descubre el fondo de pantalla de Makoto y decide ayudarle para que terminen juntos. Pero la propia Sekai descubrirá con posterioridad que a ella también le gusta Makoto, encerrándose en un círculo amoroso en el que ocurrirán cosas inesperadas. Como avance, decir que un subtítulo como Putiferio en la escuela le quedaría que ni pintado a este anime. No esperéis gran cosa, el personaje principal es idiota (o demasiado listo, quien sabe).