Shiki tiene lugar en una pequeña zona llamada Sotoba, un lugar ligeramente apartado rodeado de naturaleza, en la que destacan los bosques de abetos, con los que los habitantes del pueblo hacen ataúdes. Una serie de misteriosas muertes comienzan en el momento en que cierta familia se traslada a una mansión de estilo europeo que hay a las afueras del pueblo. Ozaki Toshio, el médico del lugar, piensa que se trata de una epidemia, pero esa idea empieza a deshacerse cuando un chico de 15 años, Natsuno Yuuki le comenta acerca de los levantados, historia que el médico no quiere creer hasta que lo comprueba por si mismo. Se les denominaba levantados a gente que volvía a la vida pero sin pulso, y que se alimentaban de la sangre de los vivos.