Zankyou no Terror comienza en Tokyo con dos misteriosos personajes cuyo fin es llevar a cabo un elaborado plan. Mientras tanto, en Tokyo ocurren una serie de ataques terroristas, de los que no se tienen más pistas sobre los culpables que un vídeo subido a Internet que hace referencia a los mismos. La policía intenta desesperadamente encontrar a los autores mientras en Tokyo se desata un pequeño caos. Mientras tanto, los dos personajes, Nine y Twelve, continúan con su plan con determinado fin, y en su camino involucrarán a una chica con ciertos problemas psicológicos que descubre sus planes y no la quedará más remedio que continuar con ellos.