Charlotte comienza con Yuu Otosaka, un joven que tiene un poder sobrenatural que le permite poseer a una persona durante 5 segundos. Pero no es el único, por alguna razón varios jóvenes desarrollan un poder sobrenatural que les permitía durante su fase de adolescencia utilizar su habilidad especial. Un día, mientras Yuu está haciendo lo que le da la gana aprovechando de su habilidad, aparece Nao Tomori para dar un vuelco en su vida. Resulta que esta chica pertenece a un consejo estudiantil que rastrea a estudiantes con habilidades especiales para reclutarlos y protegerlos de científicos que realizan todo tipo de experimenentos negativos contra esta gente. Detrás de esto se desarrolla una historia mediocre que toma vida a partir del capítulo 9. No es demasiado entretenida, sobre todo en algunos caps. centrales, pero para pasar el rato...