Another comienza con la historia de un estudiante, Misaki, en la clase 3-3 de la escuela Yomiyama del Norte. Este era muy popular, y cuando murió en un incendio, su clase decidió seguir haciendo como si nunca hubiese muerto. Pero en la foto de la graduación encontraron a este estudiante a pesar de que ya había fallecido. En primavera de 1998 el estudiante Koichi Sakakibara, nuestro protagonista, se traslada a la ciudad de Yomiyama (en Tokio) a causa del nuevo trabajo de su padre en la India. Casualmente Sakakibara va a parar en la clase 3-3 de la escuela, y alli conoce a una misteriosa joven llamada Mei Misaki (a la que toda la clase ignora, e intentan que Sakakibara también la ignore, sin éxito). Descubrirá entonces los misterios y fenómenos extraños que se ocultan tras esa clase y sus estudiantes; y comenzarán a ocurrir una serie de muertes que intentarán detener por todos los medios posibles.
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