Fullmetal Alchemist: Brotherhood esta protagonizado por dos hermanos: Edward Elric (apodado Ed) y Alphonse Elric (apodado Al). La historia se centra en un país ficticio llamado Amestris, y comienza el día en que la madre de los hermanos muere por enfermedad y se quedan solos (su padre les había abandonado). Deciden en secreto resucitar a su madre con alquimia (un poder basado en investigaciones científicas, que consiste en transformar materia a voluntad del alquimista). Pero revivir muertos es un tabú irrealizable y su intento de revivir madre provoca que Ed pierda la pierna izquierda y Al su cuerpo. Ed consigue sellar a Al en una armadura, sacrificando para ello su brazo derecho (posteriormente sustituido por uno mecánico denominado automail). Posteriormente pasan a vivir con su amiga de la infancia Winry y su abuela. Años después Ed decide convertirse en alquimista estatal, con el firme propósito de investigar y devolver el cuerpo a su hermano y recuperar sus extremidades perdidas. En su camino se encontrarán con duras trabas.

Fullmetal Alchemist y Fullmetal Alchemist: Brotherhood son dos versiones similares del mismo anime, no dos temporadas distintas. Por tanto, puedes ver esta versión sin haber visto la primera (y subjetivamente te digo que esta es mejor).