Just Because! cuenta la historia de Eita Izumi, un estudiante que al comenzar secundaria se tuvo que mudar, dejando atrás a sus amigos con todo lo que esto conllevó. Años después, en un invierno en tercer curso del instituto, a punto de acabar el segundo semetre, Izumi reaparece como estudiante transferido. Pero ahora es un extraño, o no tanto, porque poco a poco se va reencontrando con sus antiguos amigos de secundaria, trastocando sus vidas, y generando multitud de sentimientos entre el grupo de amigos que a priori no saben como manejar.

La historia no empieza mal, al ser una mezcla de romances escolares va contando como desemboca todo, pero sobre el final: