Kill la Kill comienza con Ryuko Matoi, una joven que descubre al comienzo de la historia una terrible verdad: alguien ha asesinado a su padre. Siguiendo pistas, tras haber decidido que descubrirá al asesino de su padre, todo le lleva a la Academia Honnoji, un instituto donde a los estudiantes se les da unos uniformes denominados goku cuyo tejido especial les otorgan diferentes hablidades. En este instituto se encuentra Satsuki Kiryuin, la presidenta del consejo estudiantil, que se ha convertido en alguien importante en el instituto e impone sus propias normas a los estudiantes. Ryuko se encontrará con esta presidenta y luchará por conocer la verdad sobre la muerte de su padre, una verdad que la llevará más allá de lo que ella cree.