Noragami esta protagonizado por Yato, que es un dios menor que apenas dispone de seguidores y cuyas aspiraciones son: conseguir más seguidores y fundar santuarios en los que la gente le adore. Para empeorar su situación la joven que era su shinki (o tesoro sagrado, se denomina a su arma formada por un humano que ha muerto accidentalmente) dimite, por lo que Yato se ve obligado a buscar un nuevo shinki. Durante su búsqueda se tropieza con Hiyori Iki, una joven estudiante que al ver a Yato a punto de ser atropellado por un vehículo se lanza instintivamente a ayudarle. Esto le generará determinado problema, viendose obligada a pedir ayuda a Yato y mantenerse con el para solucionarlo. Pero este no será su único problema...