Prison School da comienzo en el instituto femenino Hachimitsu, que tiene un gran prestigio y fama de estricto. El director decide convertir el instituto femenino a mixto, admitiendo hombres. Para ello, de entre 1000 mujeres admiten a 5 estudiantes hombres: Kiyoshi Fujino, Takehito Morokuzu, Shingo Wakamoto, Jouji Nezu y Reiji Andou. Lo que ellos no saben es que dicho instituto se rige por unas estrictas normas misándras establecidas por el Consejo Estudiantil Clandestino, por las cuales tras una pequeña infracción estos 5 hombres (intentar colarse en los baños de chicas para espiarlas desnudas) estos son enviados a una prisión dentro de la propia escuela, regida por dicho consejo estudiantil y viéndose obligados a todo tipo de torturas tras incumplir alguna de las tareas que la presidenta y sus compañeras les imponen. Kiyoshi, un chico aparentemente normal, observa los comportamientos masoquistas de tanto sus compañeros como alguna de las integrantes del consejo mientras planea con ellos la forma de huir de esa cárcel.

Este es un anime peculiar que se sale un poco de lo habitual, con mucho fanservice (como era de esperar), ecchi, fetichismos de toda clase, torturas, planes fallidos, sadomasoquismo... Curioso cuanto menos.