Tokyo ESP comienza en Tokyo con una joven, Rinka Urushiba, que vive junto a su padre en una modesta casa. Un día volviendo a casa se encuentra con algo increible: un pingüino que es capaz de volar. De repente mientras lo sigue llega a la Nueva Torre de Tokyo y ahí se encuentra con unos peces anaranjados volando por el cielo, y ella misma es atravesada por uno de ellos. A partir de ahí consigue una habilidad especial que la permite atravesar cualquier objeto que sólido a su antojo. Rinka es descubierta por Kyotaro Azuma, que también es como ella (son denominados como Espers) y le propone utilizar sus poderes para combatir a múltiples terroristas espers. A partir de entonces se encontrarán con más espers que coinciden con sus ideas, y una serie de acontecimientos les llevarán a descubrir a la persona que está dirigiendo a una serie de espers terroristas para provocar grandes desastres en su ciudad.

ATENCIÓN: El final queda muy abierto, y por desgracia no se espera una segunda temporada :( una pena, porque tiene una historia entretenida, y el manga finalizo su publicación en verano de 2016.