Assassination Classroom, también conocida como Ansatsu Kyoushitsu, comienza con el protagonista Nagisa Shiota, el cual narra la historia y es estudiante de una clase peculiar, la clase 3-E. Todo comienza cuando un poderoso monstruo destruye una parte de la Luna, este monstruo llega en la Tierra y avisa de que en una año la destruirá si nadie consigue asesinarle. Como condición pone que le dejen ser profesor en la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, cuyos estudiantes deberán intentar asesinarle, entre los que se encuentra Nagisa. 10 billones de yenes es la recompensa a quién logre asesinarlo. Esta clase de secundaria tiene la particularidad de ser la clase que acoge a todos los malos estudiantes (lo que en España sería el aula de diversificación xD), esta clase es usada de ejemplo para motivar al resto de estudiantes a que saquen buenas notas y no acaben en ese terrible lugar. Mientras tanto, los alumnos de esta clase intentarán convertirse en los mejores asesinos a su vez que su peculiar profesor les motivará para demostrarles que pueden salir de esa clase y dejar de ser malos estudiantes.
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